Osnovna vrijednost Spomenika prirode „Vrela Sane“ su tri jaka karstna vrela rijeke Sane, zatim donji tok rijeke Кorane kao i hidrološki aktivna pećina Mračaj. Posebna karakteristika izvorišta rijeke Sane jeste njena izdašnost koja na minimumu iznosi Qmin= 1 140 l/s, pri čemu jedno od tri vrela ističe iz pećine. Prema Uredbi o klasifikaciji voda i kategorizaciji vodotoka („Službeni glasnik Republike Srpske“, broj 42/01), voda rijeke Sane od izvorišta do međuentitetske granice se odlikuje najvišim kvalitetom, zbog čega je svrstana u prvu klasu kvaliteta voda. Prema posljednjim istraživanjima speleoronilaca Osama Gobare i Maura Bordinjona u saradnji sa Ronilačkim klubom „BUК“ i Republičkim zavodom za zaštitu kulturno-istorijskog i prirodnog nasljeđa 2023. godine, hidrološki aktivna pećina Mračaj je istražena do dužine od 1,2 km zajedno sa svim pronađenim sifonima, dok njena dubina iznosi 26 m i varira od vodostaja. Uopšteno, izuzetne hidrološke, hidrogeološke, geomorfološke i pejzažne vrijednosti su osnovno obilježje Spomenika prirode „Vrela Sane“.